对于冰冻的样品，在接种前要放到0~4℃的冰箱中解冻。固体样品要用灭菌刀或镊子从不同部位采取试验材料并混合，在无菌操作下充分研细，混匀，做成均匀稀释液。样品制备的整个过程都应在无菌状态下进行，以防污染。任何样品在打开包装前，都要在取样开口处的周围表面进行消毒。错误操作是：冰冻样品的解冻时间过长，导致细菌增殖，使实测结果偏高；固体样品取样不均衡，稀释液未充分混匀，使所测结果准确度降低；取样时未进行外包装消毒，引起样品污染。
充气饮料应在无菌条件下进行排气；酸性样品用经过灭菌的20~30%碳酸钠溶液调整pH值到中性；含盐量较高的样品应用灭菌蒸馏水进行稀释。错误操作是：充气饮料未经排气，使样品接种量偏低；酸性样品未调pH值，使不适合酸性状态下生长的细菌受抑制；高盐样品仍用生理盐水进行稀释，使不适于高盐状态下生长的细菌受抑制，结果均使实测值偏低。
不同的食品其「菌落总数」的检出限量也不一致。酱油、奶制品、熟肉制品等细菌含量一般偏高，稀释度可相应选择较大的，如1:100 和1:1000 等，而饮料、糕点类样品中细菌量偏低，稀释度应选择较小的，如液体样品可选原样，固体样品选1:10 等。错误操作是：选择的稀释度过大，使得菌落生长稀少，或者稀释度过小，菌落生长密度高，难以计数，导致实测结果或偏高或偏低。
接种时，用移液管吸取稀释液不应用吸球，而要用管口上部塞有脱脂棉球的经过高温烘烤的移液管，以防产生交叉污染。稀释液加入平皿后，应在尽可能快的时间内倾入琼脂（倾倒琼脂时，应保证琼脂温度在50~60℃，温度过高，易杀死细菌；温度过低，则琼脂提前凝固，导致检测失败），并立即在桌面上推旋平皿，使样液与琼脂混合均匀，切忌推旋动作过大，将琼脂溅到平皿盖上，影响测定结果。
平皿内琼脂凝固后，不要长久放置后才翻转平皿培养，而应在琼脂凝固后立即将平皿翻转予以培养，这样可避免菌落蔓延生长，难以计数。
配制、分装稀释液或倾注平板不能在日光直射下进行，以防强烈的日光将细菌杀死。
在培养时，恒温培养箱的温度不能过高，以免出现蔓延生菌的趋势，但也要防止因通风和空气循环而造成的培养基太干，而影响细菌的正常生长。
细菌检测过程中所用到的一切用具和培养基都需经过灭菌程序。接种室要经常用消毒液进行地面、墙面和桌面的消毒处理。实验进行前，还要经紫外灯照射杀菌。检测人员的实验服也要经常用消毒液浸泡消毒。凡是能在高温下烘烤的玻璃器皿、金属器械等都应用专用纸包好并在170℃烘烤3小时以上，以彻底灭菌。培养基和液体试剂，则要在高压锅内进行灭菌。高压锅使用时应注意在升压前要放净锅内残存的空气，以保证所需的压力，达到灭菌效果。灭菌效果的好坏可通过空白试验确定。空白试验有空气空白、稀释用水空白、器皿空白等，完美的空白试验平板上应该无细菌生长。
菌落计数在完成培养后应立即进行，以防细菌继续生长蔓延影响实测结果。由于不小心、视力疲劳或菌落没有辨认好，均可导致错误的结果，因此，检测人员在计数时应采取多人同时进行计数的方法，以避免这种情况造成的误差。
如果所有稀释度的平板均无细菌生长，则检测报告应以最低稀释度报出，如最低稀释度为1，则报为＜1；若最低稀释度为1:10，则报为＜10，而不能报为「未检出」。
以上所述，均是在实际检测「菌落总数」过程中易发生错误操作之处。只有检测人员严格按要求进行实际操作，避免产生上述错误，才能保证科学、准确地得出符合样品实际的检测结果，体现技术监督检测工作的科学性和公正性。
